元牧師のグラハム（メル・ギブソン）は、半年前に妻を不幸な事故で亡くしてから一切の信仰を捨てた。今は幼い子ども2人と、マイナーリーグのスター選手だった弟メリル（ホアキン・フェニックス）と暮らしている。ある日、彼のトウモロコシ畑にミステリーサークルが出現したことをきっかけに、不可解な出来事が次々に起こりはじめる。やがて、恐ろしい事件を経て、全ての“サイン（兆候）”の意味が明らかに…。
小児精神科医マルコム・クロウは、診ていた患者から撃たれてリハビリ生活を送ることに。そして復帰した彼が最初に診ることになった患者は、8歳のコール少年。彼には「第6感」、つまり死者を見る能力があった。
